开场故事：

在亘古以前，有个女神存在与世界上。

她爱护着所有的生灵。

为了守护这个世界，她化作了一棵マナ（玛娜）之树。

于是，传说便开始了。

遗憾的是，随着时间的流逝，世人也渐渐遗忘了女神的存在。

而有一个人却踏进了マナ（玛娜）之树沉睡的圣域。

他利用マナ（玛娜）之力建立了先进文明。

谁知，这却拉开了黑暗时代的序幕。

慢慢地，他完全控制了这个世界，

世人们只能跪倒在他面前，俯首称臣。

他，这个野心勃勃的阴谋家就是ウァンドール（温德尔）。

正当世人的心都被黑暗和恐惧所吞噬的时候，

几个年轻人却仍然心存希望。和ウァンドール（温德尔）殊死对抗。

虽然战斗异常的惨烈，但他们宁死不屈，决不言败。

心中坚定的信念，让手中紧握着的圣剑迸发出强大的希望之光。

最终，在这强大的希望之光面前，黑暗势力被消灭了。

同时，在他们的帮助下，拥有マナ（玛娜）之力的人都被送回了原先的地方。

然而事过境迁，

マナ（玛娜）之力又再次被世人遗忘了。。。。。。

[注：我用的是男主人公，女主人公的攻略将分开编写]

序幕：

“又是这个梦，请不要让我再做同样的梦吧~~~”

这个世界最初什么都没有。

后来，女神出现了。她左手拿着照亮黑暗的希望之光，右手拿着斩恶驱魔的圣剑。

女神为了创造生灵，召唤出了精灵来帮忙。

最后，女神为了和平，掷出了圣剑。

顿时，圣剑被封印起来。

女神为了守护这个世界，牺牲天尊之躯化做了一棵マナ（玛娜）之树。

现在，这个地方被视为圣域，有一股不可思议的力量在保护着那里。

グランス（古兰斯）国王正用魔法给主角讲マナ（玛娜）女神的故事。主角虽然想亲眼见识一下真正的マナ（玛娜）之树，但他似乎更喜欢听关于“ジェマ（杰玛）三骑士”大战“ウァンドール（温德尔）”的故事。不过，身为三骑士之一的グランス（古兰斯）不太愿意讲述自己的事情。可是，主角还是坚持要他讲述大战的细节，因为外面的吟游诗人所传唱的故事不解之迷还有很多。说完，便兴冲冲地回家拿竖琴去了。途中，碰到一男子，得知グランス（古兰斯）自从丢失了自己的竖琴后，就再没吟过诗歌。回到家门口，主角发现一群士兵已经包围了自己的家。士兵们认为，主角的父亲是グランス（古兰斯）的国务大臣，而且又是グランス（古兰斯）的挚友。卤莽行动恐怕不妥。而领头的“シャドウナイト（暗影骑士）”却说，主角的父母私藏邪教徒，并且很强硬的要坚持自己的做法。主角听到后，急忙绕道通知自己的父母去了。

主角的父亲エルマン（艾鲁门）正好在和朋友ボガード（伯卡德）谈话，当主角告知他们外面的情况时，シャドウナイト（暗影骑士）也夺门而入。原来シャドウナイト（暗影骑士）就是グランス（古兰斯）国王的儿子，ストラウド（斯特拉伍德）王子。很奇怪，他不太愿意别人叫他ストラウド（斯特拉伍德）王子。他不仅认为マナ（玛娜）一族是邪教，还放火烧了マナ（玛娜）村子。ボガード（伯卡德）对此非常气愤，责备他说：“マナ（玛娜）一族怎么会是邪教呢？一派胡言。”可是，シャドウナイト（暗影骑士）根本听不进去，固执地说：“以前ウァンドール（温德尔）利用マナ（玛娜）之力贻害苍生的教训还历历在目，难道你们都忘了吗？”一气之下拔出的配剑砍向ボガード（伯卡德）。主角的父亲上前劝阻，无效。ボガード（伯卡德）用剑一挡，说：“我看グランス（古兰斯）根本不会教育孩子。教出个这样狼心狗肺的东西。就让我来教训教训你吧。”“教训我？谁教训谁还不知道呢？你以为你现在还是英雄吗？” シャドウナイト（暗影骑士）讥笑道。ボガード（伯卡德）看形势危机，就叫主角父子快逃。父子刚要和主角的母亲一起逃走的时候，追兵来了。无奈，父亲エルマン（艾鲁门）只有叫主角的母亲带着主角和另外的一个孩子先从密道走，自己则以带路之名引开追兵，拖延时间。主角和母亲来到另一间房，那里躺着个女孩子，她就是シャドウナイト（暗影骑士）所要找的所谓的邪教徒。正当三人要逃离之际，追兵破门而入，主角母亲奋不顾身阻挡，主角和女孩逃走了。可惜的是，主角在途中摔了一交，不幸被追兵抓住。女孩则幸免于难。