除宗教以外，受黑死病冲击最大的另两个领域是经济和医学。据不完全统计，死者中包括1740万农民，以及610万市民。据史料记载，当时欧洲85%的人口住在农村，即5310万农民，和940万市民，因此市民的死亡比例（65%） 显然要比农民的死亡比例（33%） 高出许多。受此惨重打击，欧洲城镇的手工业几乎消亡，这也是后来文艺复兴强劲市场需求的主要原因。但是，唯有钟表业生意兴旺，这是由于患者生命短暂，所以人们为了观察发病周期，对时间开始特别重视的原因。此后，欧洲人每天的工作时间被划分为12个时段，夏天稍长，冬天较短，这便是今日世界流行的“小时工作制”的起源。农民的死亡比例虽然不象市民那么大，但却足以使整个农牧产业崩溃，农牧产品虽然供不应求，市价暴涨，但也无人从事生产。在这种只出不进的形势下，各国的粮食储备很快就枯竭了，1350年前后的大粮荒，是当时仅次于黑死病的欧洲人非正常死亡原因。为了从这次经济危机中彻底摆脱出来，欧洲花了将近一百年的时间。

在黑死病爆发前，欧洲的医学相当不发达，远远落后于中国和阿拉伯世界。鼠疫出现后，几乎所有积极为人看病的医生，都在很短时间内染病去世了，而他们都是医学界里业务比较好的。这样一来，就导致优秀的医生奇缺，而市场上对医生的需求又出奇的高。而直到瘟疫结束后上百年，医生们也没有找到真正的病源，和发明治疗它的有效药物。当时，占星术等迷信活动大行其道，以至于所有医生都系统地学过这方面的知识，而对黑死病出现的原因，也因此有无数种荒诞不经的说法。一种相对比较有科学性的理论是：人体中的四种液体：血液、淋巴、黄胆汁、黑胆汁之间的比例失调；第二种理论是：1345年3月20日，火、土、木三大行星连成一线，把大地中的某些物质吸上了天空，之后又加速返回地面，从而产生了损害人类内脏的有毒气体。有人还添油加醋说，1348年8月，一颗巨大的星体在巴黎西郊上空中爆炸，鼠疫马上就在那里传播开了；但是，流行最为广泛的理论还是：有鬼！维也纳人说，他们见到了所谓的“瘟疫处女”，她在蓝色火焰中飞驶，凡是见过她的人必死无疑。意大利人说，手持弓箭，骑着乌骓马的黑色死神在城市中穿行，看上谁了，便一箭射去，凡中箭者必死 （活像爱神丘比特的另一个版本） 。如此等等，不一而足，开出的治疗方案也多种多样。当时一位著名的巴黎医生这样劝告市民：不要吃鱼类、禽类和油脂丰富的肉食，提倡喝加胡椒和肉桂的汤汁；不要睡午觉，每天11点进午餐，少饮酒，但饭前可以喝一点白葡萄酒……（至此活像是现代减肥食谱） 下雨天不可出门，因为雨里有毒；用烈火烧地，在院子里点烟，直到7月17日，一刻都不许停……（简直是某位非洲巫师的语录） 事实上，点火驱鬼，用醋涂抹家具，以及禁食某些肉类，是当时全欧洲流行的、对付黑死病的办法。除了醋酸可能还稍微会起点消毒作用之外，其他行为，在我们今天看来全是无稽之谈，这也反映了当时欧洲的科技水平。不过因祸得福，到了疫情后期，医生们还是摸索出了一些门道。比如他们发现，病人的血管常有堵塞的现像，适量放血有助于缓解病情；穿着特别厚实的衣物可以保护自己不染病，又因此发明了医用口罩，从此流传至今。另外，尤其重要的是，疫情过后，对医学感兴趣的人数猛增，在伦敦，在遗嘱中向医院捐款的人从1345年的5%上升到了1360年的40%，再加上教会的积极协助，就为不久后的西方医学腾飞打下了坚实的物质基础。