1839年1月，30岁的达尔文与大他一岁的表姐爱玛结婚。达尔文此前曾对是否要结婚犹豫不决，在笔记本中写下结婚的好处与坏处加以比较。排在结婚好处第一条的是“孩子”。结婚当年年底，达尔文夫妇有了第一个儿子。此后一直到爱玛48岁，他们共生下了10个子女。其中有3个夭折：二女儿玛丽仅活了3个星期，小儿子查尔斯在两岁时死于猩红热，大女儿安妮在10岁时死于肺结核。

　　后来有人把达尔文子女的夭折归咎于近亲结婚。这是没有道理的。在达尔文的时代，儿童夭折是日常生活的一部分。在当时的英国，大约1／5的婴儿没能活到1岁。即使是10~15岁的儿童，死亡率也高达5‰，是现在的25倍。猩红热在当时对儿童是一种能够致命的常见传染病，达尔文的朋友、后来被称为“达尔文的斗犬”的托马斯·赫胥黎也有一个儿子三岁时死于猩红热。至于肺结核，在当时更是医院不予收治的可怕的不治之症，在死亡原因中排第一位。

　　近亲结婚既没有给达尔文的子女带来更高的夭折率，也没有影响到他们的身心健康。没有夭折的两个女儿和五个儿子都很长寿(67~93岁)。大儿子是银行家，二儿子是数学家、剑桥大学教授，三儿子是植物学家、剑桥大学教授，四儿子是工程师、皇家地理学会会长，五儿子是科学仪器设计者、剑桥市长和皇家学会会员，可谓个个有成。只有两岁夭折的小儿子根据达尔文的观察记录以及从照片判断，应当是当时还不知道的一种遗传病——唐氏综合症(先天愚)患者，但这显然是由于爱玛是个超高龄的孕妇导致的：45岁以上的孕妇生下唐氏综合症婴儿的概率高达1／30。

　　达尔文把他的子女当成了科学观察的对象，一出生就开始详细地观察和记录他们的一举一动，从中收集证据用来证明人类的情感与动物并无本质区别，必定是经过进化而来，而不是上帝创造的。在他看来，孩子的夭折也是一个自然事件，并非上帝的安排。医学也许有一天会发现疾病的自然因素和治疗方法，但是宗教对此毫无用处。

　　爱玛则是个虔诚的基督徒，面对孩子的死亡，特别是她和达尔文最宠爱的大女儿安妮死亡，和当时的多数人一样，从宗教信仰中寻找安慰：希望安妮能上天堂，等自己死后与她在天堂上再见。但她也不能明白上帝把安妮从她身边夺走的目的何在。她珍藏了安妮的一些遗物，放在一个书箱中。它们至今还在达尔文后人的手中。

　　达尔文此前已向爱玛明确表示过，虽然他曾经是剑桥神学院的学生，但是他不相信基督教。他仔细推敲过基督教的教义，发现没有证据和理由能够让他接受基督教。但是他还和爱玛、子女们一起上教堂参加礼拜仪式。在安妮死后，达尔文彻底地告别了基督教，不再参加礼拜仪式，星期天把家人送到教堂，自己则留在外面等他们。安慰他的，只有安妮留下的美好回忆——在安妮死后一周，他写下了一篇安妮回忆录。