故事开始，内森和有线电视主持人Elena Fisher在巴拿马水域海底据说是德雷克爵士的墓地中挖掘。他们发现了一本记载通往黄金城线索的笔记本，正在这时，海盗出现了。

　　主角内森在旅途中并不孤独。首先，他有伊琳娜，一个为了增加收视率的女主持，还有维克多.苏理文，内森的狡猾又滑头的导师。这两个都是由电脑控制、在旅途中能帮上你一把的同伴。虽然他们都不能直接帮你干掉一堆杂兵，但他们足够聪明，晓得遇到危险躲远，也能帮你分散杂兵的注意力。要靠他们帮忙，你才能顺利通关。Eddy Raja是现代海盗的头头，游戏典型的反面角色，他们将无情的攻击你。如果你觉得海盗是小菜，还有头目Gabriel Roman和他的爪牙，都能带一帮雇佣兵来秒杀你。还好，那时流程已经安排你拿到好装备来对付他们了。

　　《神秘海域》的图像会让你目眩神迷。今年不可能再有更漂亮的PS3游戏了。要承认偶尔场景会突然出现裂屏现象。除了这点瑕疵，这才是真正展现ps3能力的大餐，绝对让你的眼睛猛吃冰激凌。过场动画和游戏流程自然衔接，使得故事叙述和玩家操作浑然一体。顽皮狗甚至有一个人一早就想到让过场动画也能暂停，这真是太油菜了！配音和动作捕捉都用足心思，制作小组显然不想要照片般的死板样子，游戏中各类角色们的面部表现简直栩栩如生。