对于当年他加入美国国籍，很多人一直表示不理解，杨振宁说，这不是当时他一个人所面临的问题，每个人改换国籍都是一个很复杂的经历，对中国人更是如此。“放弃中国国籍是一件很困难的事情。”杨振宁说，他父亲是不肯接受他换国籍的事情。在杨振宁看来，他的父辈当时去美国读书的也很多，而99%都回来了，因为当时既没有留下来的观念，也没有留下来的可能。可到了他的那个时代，当时的学者在美国的环境不一样，正好发生了朝鲜战争，当时的美国总统就下了命令，中国的学者在美国获得理工博士学位的，不准回国，因为当时美国人是不想当时的中国发展科技的。

杨振宁说，很长的时期，他手上拿的都是国民党的护照，并不是改国籍。但后来都纷纷入了美国国籍，一个关键原因是在美国做学术研究工作要到世界各地开会、演讲，而手上持有的护照很不方便，所以1964年他加入了美国国籍。