5月11日，尼古拉从京都乘人力车来到大津城，这座城市虽然很小，却是通往京都的交通咽喉，商贾云集。在当地官员家做客之后，尼古拉一行来到街上买东西，希腊王子格奥尔基出于好奇，买了一根当地制造的竹拐杖——正是这根拐杖后来救了尼古拉一命。正当尼古拉和格奥尔基乘人力车在狭窄的街道上观光时，尼古拉突然感到右耳上方连续挨了重重两击，顿时鲜血横流。他惊恐地转过头去，看到一个日本警察正用两只手举着军刀向他挥舞过来。在随从被吓得目瞪口呆之际，尼古拉的反应还算迅速，他大叫一声：“你要干什么……”边喊边跳下人力车，用手捂住流血的伤口，想躲入人群逃命。

在场的日本平民看到这血腥的场面，顿时乱成一团，四散逃去。无奈之下，尼古拉也顾不得方向，只有拼命向前方跑去。大约跑了几十步，在一个胡同的拐角处，刺客逐渐追上了尼古拉，正当他再次挥刀砍杀之际，希腊王子格奥尔基及时赶到，他用刚买的竹拐杖一下子把刺客打倒在地。随后赶来的日本警察慌忙用刀压住刺客的脖子，将其制服，尼古拉终于逃过一劫。随行医生拉姆巴赫赶紧给尼古拉包扎、止血，此时的尼古拉仍然惊魂未定，口里不断念着“感谢上帝”。幸运的是，尼古拉虽然挨了两刀，却没有生命危险。

这就是历史上有名的“大津事件”，因为出事地点位于琵琶湖南，所以又称“湖南事件”。事件发生后，日本政府立即着手调查。具有讽刺意味的是，凶手竟然是负责警卫尼古拉安全的警察津田三藏。津田是一名极端仇俄分子，他认为尼古拉来访其实是想打探日本的虚实，为进攻日本做准备，日本不应该对尼古拉如此礼遇。为了表明对日本皇室的忠心以及出于对皇室软弱的愤怒，津田三藏实施了刺杀沙俄皇储的疯狂行动。

日本从轻判处刺客，沙俄忍气吞声接受

事件发生后，日本政府迅速采取措施，力图消除事件影响。除了以外交方式道歉、抚慰外，在事件发生当晚，大津地方法院的一名预审法官和两名检察官就对津田进行了讯问。日本大审院也很快组成特别法庭，对案件进行审判。但就如何适用刑法，有关方面发生了分歧。

当时的日本刑法第116条是关于“加害皇室之罪”，规定加害日本天皇、皇后、皇太子等皇室成员者应处死刑，即使加害未遂也要处死。由于沙俄扬言，日本如不妥善处理此案，将对日本采取军事行动。在巨大的外交压力之下，日本内阁认为，此案处理不好将会对日俄邦交产生难以估量的后果，因此专门向特别法庭施加压力，要求法庭适用刑法第116条对犯罪分子予以追究。日本内阁特别指出，由于日俄之间事先已经达成谅解，如果皇储受到威胁，对犯罪分子的处罚要采取日本刑法第116条的规定，这也是避免日本外交食言以及俄国借机寻衅的惟一办法。为此，日本首相松方正义专程会晤了大审院院长儿岛惟谦，要求法院方面配合。与此同时，松方还设法安排法官的好友及前辈对法官进行说服。经过松方的努力，多数法官初步同意了内阁的要求。