研究人员还想了解另外两种珊瑚礁“居民”——海绵和软珊瑚的情况。基廷斯表示，迄今为止，科学家并不清楚它们的数量是否已经发生明显变化。另外，研究人员还对珊瑚礁生态系统的变化所带来的影响感兴趣，其中包括长有长脊骨的海胆大量死去会造成怎样的后果等。海胆以海藻为食，而海藻的减少有助于珊瑚生长。基廷斯说：“我们正通过观察海底世界所有不同生物间的关系，逐渐了解世界珊瑚礁的巨大变化。”其中一种生物就是海绵，它通过身体吸水，过滤食物颗粒，制造肥料——可溶性氮。

北卡罗来纳大学教堂山分校研究人员克里斯·马登斯表示，宝瓶礁石基地的科学家将研究珊瑚礁成分变化同海绵所制造的有机物间的任何联系，继而分析海绵是否为海草充当了提供肥料的角色。海草同珊瑚正为争夺海底空间展开竞争。马登斯说：“原先在海底占有绝对优势的珊瑚现在已经发生巨大变化，变得越来越少。我们不禁提出这样一个问题，那就是‘难道是海绵加速了这个过程？’”

水下实验室——宝瓶礁石基地于1986年建成，属于美国国家海洋和大气管理局，由北卡罗来纳大学威尔明顿分校具体负责，曾被美国海军和宇航局使用过。1993年，它用于凯斯国家海洋保护区大礁岛海底研究。此前，宝瓶礁石基地在美属维尔京群岛执行任务。这个实验室不仅拥有双层床、淋浴器、微波炉、电冰箱和水池，还配备用于研究珊瑚礁的电脑和潜水装置。首席科学家普拉格尔表示：“它真的不会让你患上幽闭恐惧症。”

食物、电脑和其他设备被用像罐子一样的密封容器送到这个水下实验室。这种“罐子”在水下可以承受高出正常压力的2.5倍气压。在结束这次海底研究任务后，实验室工作人员必须减压17个小时。马登斯打趣说：“我们可不想让身体嘶嘶地响。”

海面上的一个浮筒通过软管、绳子和电缆为宝瓶礁石基地提供空气、能量和通信在。陆地上，一队工作人员时刻监控着实验室内部研究人员的生活情况。海底实验室工作人员用微波炉热东西吃，或者吃再水合食品。食物通过一个特殊容器送下去。马登斯说：“我们能把品客薯片变成脆饼干。”普拉格尔表示，吃饭是水下生活的日常事务，但是研究人员需要一段时间去适应。她说：“有些东西没有滋味，这个时候就需要一些辣酱了。”