五世达赖圆寂后，当时担任第巴的是他培养的亲信弟子桑结嘉措。桑结嘉措为了继续利用达赖的权威掌管格鲁派事务，并和固始汗的继任王达赖汗固始汗之孙)争夺独掌西藏的政治权力，乃“伪言达赖入定，居高阁不见人，凡事传达赖之命以行”，密不发丧达15年之久。公元1696年(清康熙三十五年)，康熙帝在蒙古亲征准噶尔叛乱时，从俘虏的口中才得知五世达赖早已去世，即降旨向桑结嘉措问罪；桑结嘉措惶恐万状，此时才将五世达赖去世的实情禀告朝廷。因此，于火兔年(1697年)，第巴桑杰嘉措才选定仓央嘉措为六世达赖的“灵童”，是年九月。拜五世班禅罗桑益西为师，剃发受戒，取法名为罗桑仁钦·仓央嘉措。是年十月二十五日，仓央嘉措被迎至布达拉宫，举行了坐床典礼。

　　仓央嘉措成为五世达赖的继承人，是第巴桑结嘉措一手制造的政治斗争的产物。仓央嘉措被迎至布达拉宫坐床时，年已15岁，他只是格鲁派的一个忠实平民信徒，骤然端坐黄教领袖的高位之上，他是不适应的。因此，关于这位六世达赖的短暂一生，民间有许多极有人情味的迷人传说。

　　相传仓央嘉措在入选达赖前，在家乡有一位美貌聪明的意中人，他们终日相伴，耕作放牧，青梅竹马，恩爱至深。仓央嘉措进入布达故宫后，他厌倦深宫内单调而刻板的黄教领袖生活，时时怀念着民间多彩的习俗，思恋着美丽的情人。他便经常微服夜出，与情人相会，追求浪漫的爱情生活。有一天下大雪，清早起来，铁棒喇嘛发现雪地上有人外出的脚印，便顺着脚印寻觅，最后脚印进入了仓央嘉措的寝宫。随后铁棒喇嘛用严刑处置了仓央嘉措的贴身喇嘛，还派人把他的情人处死，采取严厉措施，把仓央嘉措关闭起来。关于类似的浪漫传说还很多，但都以悲剧而告终。同时，仓央嘉措还是一位才华出众的民歌诗人，写了很多热情奔放的情歌，他的《情歌》诗集，词句优美，朴实生动，在民间广为流传歌诵。此时，西藏的政局发生变动。金蛇年(1701年)，固始汗的曾孙拉藏汗继承汗位，与第巴桑结嘉措的矛盾日益尖锐。木鸡年(1705年)，第巴桑结嘉措买通汗府内侍，向拉藏汗饮食中下毒，被拉藏汗发觉，双方爆发了战争，藏军败，第巴桑结嘉措被处死。事变发生后，拉藏汗向康熙帝报告桑杰嘉措“谋反”事件，并奏称由桑杰嘉措所拥立的六世达赖仓央嘉措不守清规，是假达赖，请予“废立”。康熙帝准奏，决定将仓央嘉措解送北京予以废黜。但于火狗年(1706年)，仓央嘉措被“解送”北京途中，据说行至青海湖滨时去世，时年24岁。有的记载中说他是舍弃名位、决然遁去，周游蒙藏印等地，后来在阿拉善去世。