统治者的“神道设教”是追求社会的安定，这有利于保护他们的既得利益；造反者的“神道设教”是强调社会的变革，并向教众宣传变革后社会的美好。较早的带有叛逆性的秘密宗教是弥勒教。早在南北朝期间它就发动过多次民间反抗活动。顾名思义，弥勒教是崇拜弥勒的，弥勒是佛教中的未来佛，正统佛学认为他的出现将使世界改观，能把众生从苦难中解脱出来。《佛生弥勒下生经》中说：“弥勒出现，国土丰乐……土地丰熟，人民炽盛，街巷成行……夜雨香泽，昼则清和……时气和适，四时顺节。”这是多么美丽的景象，它激动过千千万万挣扎在生死线上的人们。它比明教宣扬的明暗二宗更通俗、更易于被广大群众所接受。民间宗教是为了满足人们的眼前现实需求而出现的，当大多数的平民百姓处于苦难之中的时候，活跃于民间的秘密教派把对弥勒佛出现的信仰作为自己的旗帜是为了招徕更多的信众，给他们以更大的鼓舞。

又如摩尼教（也称明教），唐代传入中国，中唐一度很盛。其教义是将世界分为明、暗二宗、并强调光明一定能战胜黑暗，鼓励信徒打破黑暗、追求光明。明教不设偶像、不崇拜鬼神，禁止杀生，提倡食素、节俭、裸葬，外人称信仰摩尼教之为“食菜事魔”。其信仰简洁、仪式简单、所需费用少，受到下层社会走投无路穷人的欢迎。宋代摩尼教数度组织人民造反（方腊就是一例），导致朝廷的严厉镇压，摩尼教徒们的活动就更加诡秘。

白莲教本来属于佛教净土宗，倡导念阿弥陀佛，往生西方净土。到了元代净土宗极盛，各种派别林立，弥勒教、摩尼教、道教等一些具有反叛性的教义也混入其中，成为一个叛逆性很强的教派。元代以后，凡是由本土宗教演绎出的秘密宗教大多于白莲教有关，明清两代“白莲教”几乎就成为造反宗教或“邪教”的代名词。实际上在元末弥勒教、摩尼教、白莲教三者已经分不很清了。朱元璋到底参加的是什么教，恐怕连他自己也说不清楚。但是不管三者教义有何不同，但是它们有个共同点就是都主张变，否定现实存在，追求未来。这与主流思想所强调的“天不变道亦不变”的理论是大相径庭的。