会审开始了。刑部大堂气势森严，六部、九卿大臣坐了一大溜，被审的人犯一个个魂不附体。陈天立的死是因为看押他的狱卒喝多了酒，昏睡不醒，使案犯解下腰带自缢。主审当堂判决，将误事狱卒斩立决。证人李奇在押解新疆途中染病身死，有当地县衙的文书为证。这样一来噶礼的受贿就没有凭证了，依钦差原议不再追究。科场舞弊人员或斩或绞都依原审判决。至于江南督抚互相弹劾，捕风捉影，弄得民心不定，理应一齐革职。六部、九卿、詹事、科道联名将审理结果报呈给康熙。　

康熙捧着这本“活宝”式的杰作，不觉仰天长啸：“荒唐，荒唐，做贼的和抓贼的一齐问罪，清廉的和贪赃的一齐革职，天理何在，国法何在？”　

满朝文武都被传到了乾清门前，皇帝满面怒容，把六部九卿的奏折掷了下来，喊了一声：“这就是你们的断案吗？”　

康熙接着说：“江南科场案纷纷纭纭审了一年，结果是越审越乱，越审越荒唐。台阁重臣害怕贪官污吏，六部言官庇护钦差大臣，忠良含屈，奸臣狞笑。噶礼多年总督两江，飞扬跋扈，今天参这个，明天告那个，全是无中生有，难道你们就没有耳闻？张伯行在江南清廉忠正，甚得民心，此番为民请命，披肝沥胆，不顾个人安危，四次上本伸张正义，这样的清官为什么要遭惩处？小小科场案三上三下，竟不能理出个头绪，叫天下民心怎服？朕今天宣告最后结论，科场舞弊人员一律依法处决，不得宽怠。噶礼受贿纵容舞弊，着即革职听参，张伯行忠贞秉正，即留任原职，日后再行升赏。”　

两天后，康熙的圣谕被八百里加急传到了江宁。人们喜笑颜开，奔走相告。一场科场案铸就了一则曲折的故事。从此，南京贡院和夫子庙成了遐迩闻名的游览胜地。