就在册封郑贵妃的当天，户科给事姜应麟即上疏，给正热血沸腾的万历心中泼了一瓢冷水。姜应麟在疏中用的言辞极为尖锐沉重，他无非是希望万历能收回成命，名义上说先封王恭妃，而实际则是要万历封皇长子为太子。结果使得姜应麟及后来为姜说情的吏部员外郎沈、刑部主事孙如法一并获罪。接着又有南北两京数十人上疏申救，万历对此虽置之不理，我行我素，但心中却极其恼火。近400年后，明史研究学者黄仁宇先生在论述万历这一时期的生活和政见时，曾有过独特的见地：万历皇帝对于自己的“私生活”被人干预感到难以忍受，他觉得这如同把金银首饰、玉器古玩赏赐给一个自己喜欢的人，别人无权干涉。而此时的臣僚对万历皇帝越来越“出格”的作为同样感到困惑：贵为天子，怎好如常人那样感情用事、为所欲为呢？像历朝大臣一样，他们总是把希望寄托在一个好皇帝身上，而最要紧的就是那个“好皇帝”是他们辅佐之人。这样，他们获得赏赐时，不管是官阶或者财物，都会随着皇帝的声望而提高欣赏之物的价值。张居正改革社会的试验和培养皇帝的努力，虽然以身败名裂而告终，但大臣中仍不乏继续奋斗者，他们尤其不愿看到万历被一个女人“勾引”而误国误民。

　　自从册封郑贵妃为皇贵妃引起群臣几乎一致的反对以来，万历对临朝听政十分厌恶。这时候，慈圣太后已经在慈宁宫中安度晚年，五更时分不再到万历住所呼喊“帝起”并携之登辇上朝了，张居正已死，冯保被贬，那位被称为“和事佬”的当权者首辅申时行，抱着万历有朝一日自会觉悟的幻想，对皇帝一再迁就。这样，万历皇帝在那些国色天香、销魂荡魄的六宫佳丽与板着面孔吹毛求疵的大臣之间，选择了前者。只有置身其中，他才能感到片刻宁静与欢乐。尤其是在那位体态娇柔、情投意合的郑贵妃面前，他才感到作为一个人的真实存在。

既然大臣敢放胆抨击万历隐私，那么皇帝身边的宦官也就不再为向外廷传递一些秘闻而感到忐忑不安。万历皇帝日常生活放纵的消息不断传出，加上皇帝不时以“头眩”为由不举行早朝，那些虎视眈眈纠偏的大臣又发起新的一轮“攻击”。万历被激怒了，上疏干涉皇帝“私生活”的礼部尚书洪乃春被拖到午门外廷杖60，然后削职为民，以致最后愤郁而死。这以后廷杖几乎成了万历对付那些对他和郑贵妃之间的关系敢于置喙的大臣们最主要的手段了。