不过挑剔的玩家还是对这个游戏提出了不少不足之处。首先玩家对作为本作战斗灵魂的GAMBIT系统有点意见，到了后期在某地练级的时候只要设好指令控制角色的行走就可以了，这个时候战斗变得略嫌枯燥，被形象地称作“半自动挂机系统”，这点也算是该系统的小小不足之处吧。召唤兽的存在更像是鸡肋，能力不是十分强大不说，出现后除召唤者外的角色不能登场，因此召唤兽在战斗中的使用率极低（猪仔我就除了开始时玩玩，以后也没有使用过了）。而且在迷宫方面也有不少缺点，被诟病的就是存在于迷宫中的宝箱，这些宝箱不会有一些很珍贵的道具，到了游戏后期，当玩家在迷宫中好不容易发现了宝箱，打开来却是1个回复药或者时几十块的金钱，得不到好东西也就算了，某些强力装备的宝箱出现率和该装备的出现率可谓低到极点，这样对玩家的积极性是个很大的打击。而且战斗地图被划分为很多细小的区域，看似很大的地图其实被分区后就没有多小地方了，而且通过区域之间的读盘也比较频繁，确实减慢了游戏的节奏，不过这点可算是受制于PS2机能吧，不能说是游戏本身的缺点。

　　无论如何，本作在继承了《FF》系列的传统之上，大胆地加入众多创新要素和改革，对此玩家们的意见褒贬不一，但也掩盖不了本作的耀眼光辉，作为《FF》系列在旧有主机的最后一作，本作确实在PS2主机史上留下浓重着墨的一笔。

时隔1年多，《FF12》推出了国际版，其实质就是对原有版本作出诸多修正的一个再版。其中最为重要的就是国际版加入了名为“黄道12星座职业系统”的新元素。在原来“执照盘”的基础上引入职业元素，进入角色执照盘后先要选择一个职业，而按照该职业的执照盘来学习相对的技能。相比起原版的变化就是每个角色再不是可以学习所有的技能，而是只能学习对应职业的能力，这样使得每个角色的分工更为清晰。“执照盘”上更多的需要召唤兽搭桥才能修得的能力，那么就要在游戏开始的时候定好每个角色的发展方向，才能更好地安排。而必杀技也不再是相同的了，每个“执照盘”上都有4个必杀技位置，有时也需要必杀技搭桥，所以“执照盘”的修得每一步都要考虑清楚，不然到了后期就没有后悔的机会了。