《合金装备4》故事发生在《合金装备2》的5年之后，但是整个世界在这短短的5年里却发生了戏剧性的变化。自曼哈顿的巨壳(Big Shell)事件之后，美国政府要求所有为PMC(私人雇佣兵公司)的士兵全都注射一种被称为SOP(爱国者之子)的纳米机器人。这样政府就可以很方便的控制他们的身体机能和感情。这一新的技术使得PMC的士兵几乎成了所有战争中的主力。结果随着战争的蔓延，PMC的组织规模也变得越来越庞大。

　　到游戏的故事开始时，战争已经成为了世界经济的一个重要的组成部分。罗伊·坎贝尔(Roy Campbell)上校现在供职于联合国的一个下属机构，专职观察PMC的发展。根据研究，目前整体的PMC军事力量规模经过几年的扩张以经可以和美军匹敌。更糟糕的是，目前顶级的的五个PMC势力都隶属于同一家母公司——天外天(Outer Haven)，公司的首脑是利奎德·奥赛罗特(Liquid Ocelot)。

为了暗杀自己的基因兄弟，索利德·斯内克——这个由于基因缺陷而提前衰老的灰发男人，再次前往了地处中东的战场.