从内部来看，南明在皇位继统和大政方针等方面都错误连连，最终自取灭亡。

在皇位继统方面，南明比之东晋和南宋，可谓先天不足，首先就输了一着。东晋第一个皇帝元帝司马睿原是琅琊王，封地在山东，靠近江南，西晋彻底覆灭前就在建康（今南京）培植势力，拉笼各方，并被西晋最后一个皇帝愍帝司马邺任命为丞相、大都督中外诸军事，因而西晋灭亡后他继承皇位可谓顺理成章。而南宋第一个皇帝高宗赵构，则是在金兵围困东京时，由北宋最后一个皇帝钦宗赵桓亲写密信，派人送出围城宣读任命的天下兵马大元帅，其在徽、钦二帝被俘往金国后登极继位，自然也是名至实归。而南明第一个皇帝朱由崧却是在群臣的钩心斗角中勉强登上皇位的。朱由崧原是福王，封地在河南洛阳，为躲避李自成军而逃到江南。在当时避居江南的明朝藩王中，朱由崧与崇祯皇帝血统最近，又居于当时做为江南政治中心的南京附近的淮安，在伦序和地理上都处于明显的有理地位，理当继承明统。但是，在当时的江南，东林党人的势力颇盛，而朱由崧的祖母正是万历朝时备受明神宗朱翊钧宠爱的郑贵妃，当年就是由于东林党人的极力反对，神宗和郑贵妃立朱由崧的父亲朱常洵为太子的图谋才没能实现。东林党人担心朱由崧登极后对自己不利，因而极力反对拥立福王。而当时居于举足轻重地位的南京兵部尚书史可法优柔寡断，依违其间，导致朱由崧暗中勾结手握兵权的总兵高杰、黄得功、刘良佐和凤阳总督马士英突然发难，宣布拥立福王。没有掌握一兵一卒的史可法和东林党人只得违心同意，迎立福王朱由崧。这一波折，不光导致了较有眼光和能力的史可法在朝廷中失势，而且引发了弘光朝臣中东林党人和拥立福王有功一派之间的互相攻讦，党争频繁，而有“拥立之功”的武将们也挟兵自重，不听调遣，从而使弘光朝没能形成团结一致，共赴国难的局面，更谈不上抵御清军，收复失地了。