正当清廷答应接受全部议和条件，准备择日签约的时候，十月十七日，事情又陡生变故：英国特使额尔金就“人质问题”提出了新的要求，声称巴夏礼等被俘人员遭“凌虐过严”，鉴于“圆明园所尚存的一切，很可能就是一些英国人和法国人遭受极为残酷折磨的地方，必须予以摧毁。”

十月十六日，是最后一批人质被遣返的日子。至此，清军在九月十八日羁押的三十九名人质，已经全部遣返，其中一半人已经死去。具体数字是这样的：英军被羁押人员二十六人，活着回来十三人，死十三人；法军方面被羁押人员十三人，活着回来六人，死七人。其中包括一名英国《泰晤士报》随军记者。这件事大大激怒了日益骄横的英法联军。从活着的人身上的伤痕以及他们的叙述来看，英法联军确信他们的外交人员受到了粗暴的对待。如果说几天前，他们因为洗劫圆明园在良心上还有一点点不安的话，现在他们开始变得心安理得了，甚至认为他们自己干得还不够。

十月十七日晚，额尔金在交给恭亲王的最后通牒里，提出了新的要求：不但要批准“一八五八年条约”，还要为英国受害者赔偿三十万两白银抚恤赔款；法国特使葛罗也如法炮制，要求为法国受害者赔偿二十万两白银。至于圆明园，额尔金强调说，“全园余物，将立即予以荡平。此点无须亲王殿下同意，因本军统帅将立予执行。”

事实上，英法被俘人员被押解到北京以后，的确在提督府受到过看守官员的泄愤打骂。鲍源深在《补竹轩文集》中对俘虏之事曾有记载：“初四日(九月十八日)，怡邸解夷酋巴夏礼等二十余人到圆明园，交提督府下处派兵看守一夜，兵丁凌虐之。”刑部尚书赵光在其《自定年谱》中的记述，九月十八日，巴夏礼等人在通州被擒获后，押赴圆明园，当天晚上关押在圆明园，第二天便被送进刑部南所、北所两监，其他的被俘人员则直接由通州送押到顺天府密云、昌平等县监狱关押。不过，在当时惯于对囚犯实施暴力的看守人员来说，这根本不算是一回事情，何况被虐待的又是一些到自己家门口来滋事的“丑陋洋夷”。

恭亲王等王公大臣无论如何不会想到，俘虏问题在英法联军看来是这么的重要，竟能成为再起祸端的借口。在清廷看来，巴夏礼是俘虏中的首恶，他们的注意力基本上都集中在巴夏礼一人身上，因为意识到巴夏礼会对和谈有用，清廷对巴夏礼实行了非常优待的政策。至于其他人，清廷则根本无暇顾及、亦无心顾及。