考虑到哺乳动物中耳的演化如此复杂，它的多次起源几乎被认为是不可能的。虽然现存三类哺乳动物——单孔、有袋和胎盘——之间的差异甚大，但它们都拥有哺乳动物的独特中耳，因此人们一般认为哺乳动物独特的中耳在这三类动物的共同祖先中就已经拥有了。然而2005年2月11日的《科学》杂志上，澳大利亚的科学家宣称中耳至少独立的进化了两次，单孔哺乳动物的祖先的中耳是独立演化的。

　　2003年，澳大利亚南部海岸发现了一个保存良好的下颌骨化石，这块化石被认为只是鸭嘴兽及其他单孔哺乳动物的祖先，而它的下巴上赫然保留着三个“中耳”小骨的原始印迹，显示这些小骨尚未从下巴移动到耳部。这只能有一个解释，单孔哺乳动物的祖先自己独立的进化出了拥有三块听小骨的中耳，这简直只能用奇迹来形容。同时这个新发现也带来些有趣的问题，比如：有什么演化上的理由让单孔哺乳动物也非得演化出一个拥有三块听小骨的中耳来？在科学上，发现一个秘密往往牵连出更多秘密等待人们去探索，这或许就是科学的吸引力之一吧。

　　追根溯源似乎是人类的本性，爬行动物的中耳虽然只有一块骨头，但现代的鱼压根就没有中耳，所以中耳怎么起源只有到鱼化石中寻找线索。和今天常见的鱼不同，数亿年前鱼的腮是通过一个管状器官——腮孔——与体外的水相连的，这个已经消失的结构在四足动物中演化为中耳的腔室，而负责连接头盖骨和鱼颚的一根骨柱则最终演变为镫骨。

　　最近，瑞典乌普萨拉大学进化生物学系的研究生马丁.布拉则和他的导师，古生物学家皮.艾尔博格，对中耳演化的早期过程进行了研究。通过对一条长约1米，距今3.7亿年，收藏于拉脱维亚自然历史博物馆，名为潘氏鱼(Panderichthys)的化石进行细致的分析后，他们惊奇地发现，中耳的演化时间远比人们预期的久远。潘氏鱼与后来爬上陆地的四足动物拥有同一祖先，此项研究前，普遍认为中耳起源于四足动物。但新研究显示，与其他的古鱼相比，潘氏鱼的腮孔已经开始明显变大，而负责连接头盖骨和鱼颚的一根骨柱变得更小和更细。这些新证据显示，远在四足动物起源之前约1000万年，中耳就开始了它的演化之旅。

　　相信在不久的未来，只要发现更多的化石，对于神奇的中耳的来历我们会了解得更多。但或许解开秘密的钥匙已经躺在某个博物馆的收藏品中，正在静静的等待……