当汤米把种子放进伊兹墓前的小洞里，对着伊兹的墓碑说了声“再见”时，一切都结束了：汤大师消失在那片名叫shibaba即将消亡的星云中，与繁星融为一体，呵护神树的日子从此结束；汤将军的身体变成了神树的树汁生根发芽的沃土，被盛开的花草掩埋在神树的脚下，征战沙场，寻找神树的日子也就此结束；而汤医生也从实验室中走了出来，找到了那颗变成种子的戒指，埋在了伊兹的墓前，结束了整个电影。

《源泉》是在寻找一组答案，具体来讲，是在寻找三个问题的答案。三个问题出在影片讲述的三个故事中，三个独立而又交织在一起的故事.

汤米年轻的爱妻伊兹患上了可怕的脑癌。作为医生的汤米心痛不已，不顾一切的寻找治疗癌症的药物，希望能够把伊兹从死亡线上拉回来。他每天躲在实验室中不停的做实验，甚至拒绝与伊兹一起出去玩雪。只有到了深夜，回到家中才有了相聚的机会，但常常这时，伊兹也已经入睡。尽管如此，伊兹对汤米体谅有加，始终迁就着汤米的工作，直到最终…… 这是《源泉》中所讲的真实故事。

汤米常常把自己幻想成为一位大师，他把战胜癌症的信念幻想成为一棵神树，神树可以解救即将消亡的shibaba星云。于是，在汤米的幻想中，大师一路呵护着神树，奔向那个即将星云。这是《源泉》中的另一个故事，是汤米要讲的故事。

伊兹在闲暇的时候，写了一本书，书的名字就叫《源泉》，在书中，伊兹把自己想象成为西班牙的女王，而把汤米想象成为女王身边的大将军，保护着王国，保护着女王。在王国即将灭亡之时，女王派将军去寻找传说中的神树，这棵神树可以解救国家和女王。这是《源泉》的第三个故事，是伊兹想讲的故事。

面对伊兹的癌症，三个故事从三个角度刻画出三种角色的感受。在汤米的故事中可以看到汤米的执著。汤米小心呵护着他的信念。在他的心中，只要信念在，伊兹就有活下去的希望。在汤米的故事中，偶尔会闪现伊兹的身影。汤米总是让伊兹耐心的等待，这表明，汤米的信念已经让他有些忽视伊兹的感受了。

在伊兹的故事中，我们却看到了伊兹的无奈，在自己和国家临危受难的时候，自己最信任的人却要被派往远方，不能陪在自己的身边，保护自己。伊兹心里明白汤米所做的事情和他的信念，尽管她多么希望汤米能够陪在身边，但她还是要表现出自己的体谅。于是干脆主动的把将军派往了远方，而自己孤独的留在危险之中。伊兹并没有把故事写完，她把最后一章留给了汤米，让汤米帮他完成。这是伊兹对汤米的信任也是自己对自己命运的无奈。