30年代是科年科夫夫妇美国生活中最扑朔迷离的一段。20年代，他们被盛况空前的展览、超乎寻常的成功包围着。而1930年以后，一切都变了。科年科夫成天把自己锁在工作室里，过着离群索居的生活。他深陷于神秘主义和神学之中，还差点因此与爱因斯坦发生冲突。有一次，科年科夫在电梯里与爱因斯坦邂逅，他问道：“您信上帝吗?”“不信。”爱因斯坦回答非常干脆。“傻瓜。”出于礼貌，玛加丽塔没有把最后一句话翻译给爱因斯坦，但爱因斯坦完全听懂了。后来，当科年科夫到普林斯顿做客时，爱因斯坦找机会向他阐述了自己对宗教的理解。

　　科年科夫后来写道：“我们保持了长期的‘亲密友谊’。”

　　翻看玛加丽塔留下来的照片不难发现，最初是科年科夫一家与爱因斯坦夫妇合影；接着，科年科夫消失了，只剩下玛加丽塔，但她通常是站在一旁，离爱因斯坦很远。1936年，在爱尔莎去世后，她牢牢占据了爱因斯坦身边的位置。那时，她已经40岁了，身材不复窈窕，目光也失去了往日的清澈，众多的仰慕者逐渐隐去。曾是上流社会宠儿的她依然保留了两大爱好：其一是定期上门拜访爱因斯坦这位科学界巨擘；再就是饲养小白鼠。由于不想破坏身材，她打消了做母亲的念头，把母爱给了这些可爱的小东西。即使在拜访爱因斯坦时，她也与宠物形影不离。