五台战争至此告一段落，萨菲罗斯成了这次战役中最大功劳的获得者，而安吉尔则不知去向。正当扎克斯回忆近期安吉尔身上发生的一切时，萨菲罗斯打来电话叫他到司令室去见拉扎德。（此时可先在城内逛逛，多和NPC对话，会追加任务）。拉扎德宣布扎克斯终于升级为[1st]，此时可装备魔石数量升为了6个，并且有了魔石合成（マテリア合成）技能（关于魔石合成的介绍请看http://bbs.levelup.cn/showtopic-505987.aspx 系统介绍部分），同时给他带来了新任务，（此时会收到神罗新闻，安吉尔和杰奈西斯都被定为在五台战役中殉职），可没想到新任务竟是除掉安吉尔……正当三人正在交谈之时，突然警报声大作，有侵入者入侵神罗公司总部，扎克斯和萨菲罗斯被分别派出去寻找侵入者.