来到内部，萨菲罗斯在这里发现了霍兰德盗走的关于古代种等研究的机密资料。话说在他、杰奈西斯和安吉尔以前进行模拟训练的时候曾经有一次萨菲罗斯将杰奈西斯砍伤，并导致魔晃进入他体内，而当时杰奈西斯的主治医师却告知萨菲罗斯并不能输血来救他。他又提到杰奈西斯是一个被称作“project G”也就是“project 杰奈西斯”的计划诞生的……

话音未落霍兰德和杰奈西斯出现在了两人面前，杰奈西斯把剑指向萨菲罗斯就要开战，霍兰德见状转身就逃，扎克斯则追了上去……

不必一路追着霍兰德，可以到处搜集一下宝箱，因为能走通的路也就那一条，在最后的平台上遇到了三架大型兵器BOSS战，这场战斗需要注意的是敌人虽是机械，但依然有可以让扎克斯中毒的招数，所以还是装备好毒防御的防具比较好，以免战斗中手忙脚乱。抓住机会就用回转攻击同时给予三架敌人伤害，HP不够了就暂时远离补充，随后再回转攻击……