Wii版的《古墓丽影 周年纪念》故事方面和其他版本并没有不同。仍然将采用与初代游戏完全相同的故事设定，玩家将与年轻的劳拉一同穿行于那神秘莫测、沉睡千年的古代遗迹之中，追寻古代文明所遗留下来的神奇异宝。为了能够完美再现初代《古墓丽影》的精髓，开发小组决定把游戏的重心集中在刺激的探索和经典的解迷部分上，事实上这也是重现系列最初风采的最直接有效的途径。

　　Wii版的《古墓丽影 周年纪念》在其他平台的基础上新加入了3个小时左右的解谜方面的内容。将会有一些秘密的地点是专为Wii的操纵方式而设定的。比如，玩家在解决一个后期的谜题时，你不再是只需要简单的收集古埃及的象形文字。而是需要劳拉带上一系列的考古工具自己通过慢慢的查找线索来完成谜题。比如，你可以通过摆动手柄用考古刷掸去柱子上的灰尘、可以用炭笔和纸去拓下各种雕刻。