据战后远东国际军事法庭调查核实，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。中国军事法庭经过一年多的反复调查，核对研究，最后判定集体屠杀19万余人，零散杀害15万余人，被害人总数达30万以上。

一、集体屠杀19万人

　　1942年，菲律宾等九国政府在英国伦敦开会，发表了惩治战争犯罪的宣言。当时的中国政府曾备函声明日本侵略军在中国所犯下的种种罪行应同样受到惩罚。

　　日本投降后，南京国民党政府于1945年12月6日成立战争罪犯处理委员会。此外，在南京等十城市设立审判战犯军事法庭及战犯拘留所。1946年2月15日南京国民党政府国防部审判战犯军事法庭在南京成立。该法庭成立后，立即开始对日军在南京制造的大屠杀案进行审理。

　　有关国际法规定，日本的甲级犯由远东国际军事法庭审理，乙、丙级战犯则由受害国军事法庭直接审理、裁判。所以，甲级战犯松井石根由远东军事法庭负责审理，乙级战犯谷寿夫、丙级战犯田中军吉、向井敏明、野田岩等，由南京国民党政府军事法庭负责审理。

　　中国南京军事法庭对315起控诉案进行了详细周密的调查，查证的集体大屠杀而被毁尸灭迹者共有28案，被杀人数达19万之多。

　　现从《国防部审判战犯军事法庭判决》中摘出一段。

　　"日本军阀以我首都为抗战中心，遂纠集其精锐而凶残之第六师团谷寿夫部队、第十六师团中岛部队、第十八师团牛岛部队，第一一四师团末松部队等，在松井石根大将指挥之下，合力会攻，并以遭遇我军坚强抵抗、忿恨之余，乃于陷城后，作有计划之屠杀，以示报复。"

　　 在28案中，主要有下列18起。

　　（1）1937年12月15日，日军在司法院难民区搜捕平民1000余人，被解除武装的军警400企婚，总计2000余人，全部押至汉中门外，用机枪扫射，复用木柴、汽油焚烧。

　　（2）1937年12月15日下午2时，在挹江门姜家园南首，将居民300余人或用机枪射杀，或纵火烧死，无一幸免。

　　（3）1937年12月15日，日军将所俘军民9000余人，押往海军鱼雷营用机枪密集扫射杀害。

　　（4）1937年12月16日，日军将华侨招待所难民5000余人，押至下关中山码头，用步枪、机枪射死，尔后又把尸体推入江中，毁尸灭迹。

　　（5）1937年12月16日上午10时，在中山北路前法官训练所旧址，将平民吕发林等100余人，拖至四条巷塘边，用机枪射杀，无一幸免。

　　（6）1937年12月16日上午，在鼓楼五条巷四号难民区内，日军将被俘军民石岩、王克村等数百人，驱集大方巷广场上，以机枪射杀。

　　（7）1937年12月16日，在傅佐路12号，日军将平民谢来福、李小二等押至大方巷塘内枪杀，罹难者200余名。

　　（8）1937年12月17日，日军将逃至三叉河放生寺及慈幼院的男女400百余人难民和被解除武装的军人，用机枪扫射，予以杀害。