当时南京是国民党政府的首都，日本当局以为攻陷南京，中国便会丧失斗志。所以自然把进攻的矛头指向南京。1937年7月29日，日军参谋本部确定的《中央统帅部对华作战计划》便说明，在加紧向华北进攻的同时，又策划在上海、青岛等地制造借口，扩大侵华战争。而上海是通向华中的门户，一旦初攻破，就"打开了通向中国首都南京的坦途。"

　　1937年8月13日，日军制造了"上海事变"。8月15日，松井对日本首相表示决心："只有拿下南京，打垮蒋介石政权。这就是我必须完成的使命。"1937年8月16日，日本参谋总长载仁亲王发布《临时命令第452号》，其中就附有《上海及南京附近军事地志概说》。可见，日本当局早在攻占上海之前，就在策划对南京的进攻，并把进攻上海作为进攻南京的第一步。

　　具体分析一下当时的军事形势，日军企图在三个月内灭亡中国的野心更是昭然若揭。1937年7月以前，日军在中国境内的部队只有关东军和中国驻屯军。7月7日挑起"芦沟桥事变"后，立即于7月11日决定，从日本调三个师团、从朝鲜调一个师团，前往中国。7月27日下令动员第5师团、第6师团、第10师团。8月31日，撤销中国驻屯军，编成华北方面军，下辖第1军和第2军。9月11日，组成上海派遣军。10月29日又编成华中方面军，下辖上海派遣军和新从本土调来的第10军。短短的三个月，日本便把15个师团投入中国战场，华北7个师团，日本便把15个师团投入中国战场，华北7个师团，华中9个师团，兵力竟占日本准备动员30个师团的一半。

　　11月12日，日军占领上海。11月14日，属上海派遣军的第16第团在长江的白茆口登陆；11月19日，第10军主力占领嘉兴。至此，松井石根的作战任务由原来的"保护侨民"变换成"挫败敌人战斗意志，获得结束战争的机会。"

　　"占领南京，迫使中国屈服"，这便是松井进攻南京的目的。

　　怎样才能"迫使中国屈服"呢？那就是使用恐怖手段，摧毁中国人民的抵抗意志。《远东国际军事法庭判决书》中指出：

　　"日军的首脑者认为这场战争是'膺惩战'，因为中国人民不承认日本民族的优越性和领导地位，拒绝与日本合作，所以为惩罚中国人民而作战。由于这个战争所引起的一切结果，都是非常残酷和野蛮的，日军首脑者的意图是要摧毁中国人民的抵抗意志。"

　　由此可见，攻占南京，采取恐怖手段，迫使中国投降，这就是日本当局的既定方针。当时日军参谋本部次长多田骏部"悉知针对中国首都南京而策划的恐怖活动。"

　　松井完全了解日本最高当局的意图，他当时在日记中写道："余须谨奉大命，体察圣旨所存，惟位惟威，举所谓破邪显正之宝剑诛杀马谡。"1937年10月8日，松井声言"降魔的利剑现在已经出鞘，正将发挥它的神威。"由松井1937年12月7日"亲自起草"的《攻克南京城纲要》则进一步证明，他便是南京大屠杀的组织者和指挥者。