五台山是佛教四大名山中唯一兼有汉传佛教和藏传佛教也就是喇嘛教的佛教道场，因此，五台山的寺庙分为青庙和黄庙两大类。青庙是汉传佛教寺庙，僧尼一般身穿青、灰色僧衣，前面介绍的几座寺庙，包括建有藏传佛教风格的大白塔的塔院寺，都是青庙；黄庙则是藏传佛教寺庙，均为格鲁派，僧尼穿著黄色僧衣。青黄两庙除了教义与穿着之外，黄庙僧人可以食肉也是重要区别之一。五台山的喇嘛教兴起于元代，鼎盛于清代，现在，五台山著名的黄庙还有菩萨顶、镇海寺、罗睺寺、广仁寺、寿宁寺、观音洞、善财洞等。

　　菩萨顶原来是一座青庙，满清入主中原后，对于随时可能飙起于塞外的蒙古铁骑，他们采取了完全不同于朱明王朝的策略，也就是民间所谓的“明修长城清修庙”，正是在此期间，清廷将五台山十座青庙改为黄庙，菩萨顶成为黄庙之首。菩萨顶位于台怀镇灵鹫峰顶端，更名菩萨顶，取意峰顶住有菩萨，喻其身份高贵。十座黄庙尤其是菩萨顶是清廷精心选择的结果，它们获得了非同一般的地位与殊荣，菩萨顶的主要殿宇被铺上了表示尊贵的黄色琉璃瓦，山门前的牌楼也修成了四柱七楼的形式，这在五台山是绝无仅有的。菩萨顶此后几乎成为满清皇室的家庙，康熙皇帝朝拜五次，乾隆皇帝朝拜六次，菩萨顶山门牌楼上的“灵峰胜境”就是康熙皇帝亲笔题写的。

　　罗睺寺是五台山另一座著名的黄庙。佛教传说，佛祖释迦牟尼的妻子怀孕七年，在释迦牟尼成道之夜生下一子，取名罗睺罗，据说是覆障的意思。罗睺罗十五岁出家，成为释迦牟尼的十大弟子之一，用他的名字作为庙名，意指此处为普渡众生之地。罗睺寺最有特色的是藏经殿里的“开花现佛”，在一朵高达三米的木制出水莲花中，隐藏着阿弥陀佛，当莲台转动时，莲苞绽放，花开佛现。这一精巧的设计，不论对普通游客还是佛教信徒，都在庄严肃穆之中平添了几分情趣。

　　五台山的寺庙，除了青黄之分外，过去还有子孙庙和十方庙的区别。由本寺僧人掌管的寺庙俗称子孙庙，供游方僧人修行并由他们轮流管理的寺庙俗称十方庙，碧山寺，过去就是五台山著名的十方庙。碧山寺戒坛殿里，供奉着一尊堪称五台山一绝的缅甸玉佛，玉佛大小如真人，通体洁白，细腻逼真，造型为释迦牟尼说法。这尊玉佛的来历，据说是民国初年，由修行者从缅甸请回。

　　在台怀镇北端，还有一处目前中国最大的比丘尼道场——普寿寺，它既是学修养重的尼众寺庙，又是制度完善、课程齐备的佛教学校。普寿寺设有预科班、普通班、中级班、高级班和研究班，课程有佛教经、律、论、戒，以及政策法规、古代汉语、书法、英语和电脑等辅助课，在此参加过修行的尼众近千人。