新疆维吾尔自治区境内有大于1平方公里的天然湖泊139个、水域面积约5500平方公里。新疆境内的湖泊大多为河流的终点湖、面积变化大、有的位置常变、如罗布泊、玛那斯湖。近半个世纪因上游大量引水灌溉、补给逐年减少、湖面缩小乃至干涸、罗布泊和玛那斯湖均已干涸、艾丁湖近于干涸。目前比较稳定湖泊有100多个。此外还有许多水库属于人工湖。新疆维吾尔自治区有许多自然景观优美的湖泊、其中有著名的湖泊：中国最大的内陆淡水湖--博斯腾湖（水域面积980.4平方公里）乌伦古湖、赛力木湖、艾比湖、阿牙克库木湖及中国最低的地方--艾丁湖（低于海平面155米）、布伦托海、阿雅格库里湖、阿其格库勒湖、鲸鱼湖、吉力湖、阿克萨依湖、艾西曼湖。

　　[博斯腾湖]：博斯腾湖是新疆也是中国最大的内陆淡水湖。古称西海、敦薨浦、是一个断裂成因的湖泊、位于新疆境内的焉耆盆地东南部、介于新疆巴音郭楞蒙古自治州的和硕、博湖两县间。湖面海拔1048米、湖水水面面积980．4平方公里,它是开都河的尾闾、又是孔雀河的河源、成为一座天然的大型调节水库。波斯腾湖水域辽阔、烟波浩淼；西南小湖区、河道婉蜒、芦苇丛生、荷花怒放、禽鸣鱼跃、一派江南水乡景色、故有“西塞明珠”之美称。博斯腾湖是新疆最大的渔业基地、盛产青、草、鲢、鲫、鳙、五道黑等24种鱼类、年产鱼1000多吨。这里产的大头鱼和尖嘴鱼、不仅肉嫩、脂多、味美、而且个体特别硕大。到博斯腾湖旅游、品赏博湖“鱼宴”这已成了一个重要的旅游节目。博斯滕湖又是中国四大芦苇生产基地之一、芦苇最高可达10米、竹杆般粗细、是造纸、纺织的优质原料。博斯腾湖边的芦苇林一般有四五米高、芦苇面积多达400平方公里、一旦误入苇湖深处、便象走进“迷魂阵”、很快就会迷失方向、一时半刻休想转得出来。出了苇林则是万顷碧波、浩浩荡荡、千重浪花、银光闪耀。远处白帆点点、渔歌互答、水天一色、一群群的野鸭、鸳鸯、天鹅等水鸟追逐戏游、展翅飞翔、构成一幅奇妙的画卷。苇林中还大量放养珍贵毛皮动物一麝鼠这里已成了“麝鼠之乡”。博湖风光瑰丽、集大漠与水乡景色于一体、距南疆重镇库尔勒市只有60多公里。近年博湖的莲花湖、相思湖、大河口、回归大自然、阿洪口、扬水站等旅游景点的旅游设施已初具规模、开辟了游艇或摩托艇游湖、渭水、水上降落伞、潜水、跳水、垂钓、湖滨浴场等娱乐项目、还可以品尝到烤鱼和原汁原味的博斯腾鱼宴。博斯滕湖是南疆一个重要的新兴水上游乐旅游区、被誊为新疆的“夏威夷”。