那么在真核细胞内，控制不同种原始细胞基因分别表达的基因编码。到底是利用什么样方式编成呢？笔者认为就是利用高度重复排列的不同质粒、病毒性基因进行编码。真核生物的胚胎发育过程，就是通过质粒、病毒性基因编码，进行移码转录表达，控制多细胞真核生物在胚胎发育过程，规则有序的进行细胞发育分化的。

从已有研究来看，每一种真核生物细胞内，全都积累有极其大量的质粒、病毒性基因，但为什么细胞内积累了极其大量的质粒、病毒性基因，但却不会使细胞生病呢？笔者认为最主要原因就是这些质粒、病毒性基因，其转录酶识别序列被DNA修饰酶进行了修饰，这样一来即可使侵入的质粒、病毒性基因，在被解除修饰前，因无法脱离而被保存下来，又可使侵入的质粒、病毒性基因虽在核内存在，但因正常情况下根本无法表达，从而可避免对生物细胞产生危害。

细胞对进入细胞DNA的病毒基因修饰，很可能是采用碱基修饰的方法，使进入核内的病毒基因转录起始位点（可能也是内切酶极其连接的引物的识别位点）内的嘌呤、嘧啶碱基进行互换。因而进行这样的互换修饰，不会影响细胞DNA的复制。

但生物细胞内是既有DNA修饰酶，同时也有可用于为某些质粒、病毒性基因，解除修饰的去修饰酶，如果去修饰酶恢复的是质粒、病毒性基因，开始转录的起始部位，并且在去修饰后的第一次转录开始时，同时将这一质粒、病毒性基因起始识别部位重新修饰，使之不可再转录；

而在完成这一次基因转录时，则同时将下一相邻病毒基因开始转录的起始部位去修饰，使之可在下一细胞分裂周期进行转录表达。而每一次这样的质粒、病毒性编码基因表达时，全都会在细胞内，形成一些可控制细胞，在下一步向那个方向进行分裂或分化的控制物质，或形成控制细胞下一次复制与分裂时，是否转为进入不同质粒、病毒性基因，编码表达的新起始序列位置进行移码控制。从而形成新的体细胞结构。

而一旦可作到这一点，则在胚胎发育中通过基因表达的位置，在染色体内的不同质粒、病毒性编码序列内的移动，以及每一质粒、病毒性基因转录表达产物内，都形成一些不同的调节性物质，就可使任何复杂多细胞生物胚胎发育控制，全都可十分容易的进行了。

笔者认为在生物的胚胎发育及组织器官分裂分化形成过程，之所以会种瓜得瓜，种豆得豆，老鼠生儿总是老鼠，乌鸦的后代总会发育成乌鸦，就是因其细胞内具有的由病毒基因构成的胚胎编码，一般会保持相对稳定造成。

毫无疑问真核生物体内，聚集越来越多具有胚胎发育控制，与不具备胚胎发育控制功能的质粒病毒基因，以及越来越多的不同原始细胞基因，全都是逐渐进行的。并且其细胞内的形成核膜与各种细胞器的进化，与由单细胞生物向多细胞生物的进化，也都是由简单向复杂逐渐演化进化的。动物胚胎发育中依次出现的不同种胚胎发育形态，就大体表现了多细胞真核生物，由简单向复杂的逐渐演化进化历程。