佛教与儒家的冲突，直接的是佛教的出世主义、出家制度明显有违于儒家提倡的伦理纲常等礼教。儒家的人抨击佛教的出家制度教人剃须发、不娶妻、不敬养父母等，完全违背了孝道；而出世主义则不理民生、不事王事、不敬王者等，又完全违背了忠道。佛教的人，为求生存，采取调和态度，强调信佛教者是把奉亲敬君放在第一位的。在理论上，当时佛教与儒道的斗争主要集中在神的存灭、因果报应等问题上。

　　值得注意的是，佛教与儒、道在发生矛盾冲突的同时，也在相互渗透和融合。佛教为了在中国扎根，使用中国传统名词和文辞来表达佛教理论，玄学对于佛教的影响是很深的。另一方面，玄学家以佛教义理为清谈之言助。玄佛融合成为东晋玄学发展的一个重要趋势。

　　在中国儒、道、玄思想的影响下，原印度佛教发生了许多重大的变化。如印度佛教强调苦行累修的解脱方法，转变为以智解顿悟为主的解脱方法；印度佛教的出世精神，转变为世出世不二，乃至积极的入世精神等。在理论上是广泛吸收了儒家的心性、中庸，道家的自然无为，甚至阴阳五行等各种思想学说。至隋唐时期，佛教完成了形式和理论上的自我调整，取得了与中国传统文化的基本协调，形成了一批富有中国特色的佛教宗派，如：天台宗、华严宗、禅宗、净土宗等。佛教的影响也不断地深入到了人们的日常衣食、语言、思想、文学、艺术、建筑，乃至医学、天文等各个方面。至此，佛教文化已成为整个中国文化中可以与儒、道鼎足而立的一个有机组成部分。唐宋以来的知识分子，不论是崇信佛老的，还是反对佛老的，无一不出入佛老。

　　佛教文化对于中国传统的儒、道思想也发生了深刻的影响，促使它们在形式和理论上自我调整和发展更新。汉末道教创立并发展起来。道教是依托道家老子思想为理论，杂糅原始宗教、神仙方术、民间信仰等内容。后来受到佛教的影响，仿效佛教的戒律仪轨、经典组织等来完善自己，道教理论从广度上和深度上也都得到了极大的发展。道教尊奉老子为其教主，以老、庄、文、列诸子的著作作为最根本的经典，如尊《老子》为《道德真经》，尊《庄子》为《南华真经》，尊《文子》为《通玄真经》，尊《列子》为《冲虚至德真经》等。通常所称儒、释、道“三教”(教，教化)中的道，一般都兼指道家和道教。严格地说，道家是一个学术流派，而道教则是一种宗教。

　　佛教对儒家最主要的影响是在于它促使儒家深入探讨发展和建立形上理论的问题。较之佛教，原始儒家在理论上更注意于实践原则的探讨与确立。佛教以它丰富深奥的形上理论，一度吸引了许多知识分子。宋明理学以承继尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、孟的道统和复兴儒学为己任。而其所言儒学，并非先秦的原始儒学，而是在玄学和佛教深刻影响下的新儒学。先秦原始儒学的许多具体道德规范，到了理学家手中变成了许多形上学的道理。