光绪亲政的十年，是与慈禧进行政治和权力斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐。

重创：戊戌变法失败

　　光绪二十四年八月，在以慈禧为首的守旧势力的反对和镇压下，变法运动最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“戊戌六君子”遇害，光绪本人也被囚禁在中南海瀛台，他的政治生活到 此结束。

此后，光绪度过了10年没有人身自由的囚徒生活。

　　戊戌变法失败后，慈禧又将光绪挚爱的珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，并且给她立下一条规矩：今后不许再见皇上。慈禧重新出面训政，多方凌辱折磨光绪。起初，慈禧想过要谋害光绪，后来又想把他废掉。

　　光绪深知慈禧的险恶用心，日夜担惊受怕，他对天长叹：我连汉献帝都不如啊！被囚禁在瀛台的光绪，病情日益加重。光绪二十五年正月初二，御医朱等人在光绪的《脉案》中写下：皇上脉搏微弱，面色发黄，鼻子溃疡，吃饭不香，消化不良，心情烦躁，时常叹息，气短而懒得说话，精神恍惚，常常半夜醒来，对墙无故发笑。皇上本来身体就不好，气血双亏，心肾两虚，现在又胸中郁闷，虚火上升，造成脾胃不和。慈禧害死珍妃光绪二十六年七月二十一(1900年8月15日)，八国联军入侵北京。慈禧带着光绪皇帝仓皇出逃，相传她临行前命令太监崔玉贵把珍妃推到宁寿宫外的井中害死。这件事情在正史上没有记载，但珍妃确实是那时死的，因为从那以后再没见过有关珍妃的记载。而且后来有个太监有一个回忆录，专门谈到了珍妃被慈禧害死的情况。当光绪得知珍妃死讯，旧病复发，再也无法康复了。

　　由此可见，从光绪自幼多病，到青年以后的病情加重，都与他的政治处境和精神生活密切相关。慈禧的长期压制和打击，是光绪得病的重要原因，从这一点谈来，民间传说慈禧害死光绪并非全无道理。

　　尽管从光绪脉案中，我们得出的结论是光绪属于正常病逝，但人们总觉得他只比慈禧早死一天，这太奇怪了。光绪当时身体很弱不假，但为什么这一天也拖不过去呢？是慈禧手下最后几天在药里下了什么东西，还是做了别的手脚？这些猜疑只是猜测，因为到现在为止，都没有确凿的证据。