尽管头颈部癌症的整体发病率在美国呈下降趋势，但是口咽癌发病率却维持稳定，甚至在特定人群中有所上升，而这一现象可能和人类乳头瘤病毒（HPV）感染有关。

来自Texas大学Anderson肿瘤中心的Erich M. Sturgis及Paul Cinciripini认为，在吸烟率下降的情况下，口咽癌，特别是扁桃腺和舌底癌发生率的稳定主要原因可能在于口咽部暴露于流行的致癌病毒下的结果。小组指出有文献表明暴露于HPV－特别是HPV16下很容易患上口咽癌。作者同时也表示，最近得到批准的HPV疫苗或许将最终对口咽癌发生率产生重大影响。

作者说：“用于防止宫颈癌和发育异常的HPV16/18疫苗用于年轻妇女和青春期女性，但我们担心只批准疫苗用于女性会阻碍和HPV16/18相关的口咽癌的预防，因为这些癌症更多发生于男性。”