八月一日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风，风暴持续四 天，元军南方舰队的舰船基本被毁，北方舰队的舰船也损失大半。北方舰队剩余的舰船搭载指挥官以及部分蒙古军和高丽军逃离战场驶返高丽。南方军的指挥官和部分高级官员眼看回天无术，也只得丢下大部队，乘南方舰队残存的几艘船逃离。此时九龙山的海滩上尚留有近十万元军，这些人失去了补给和退路，又无力突破日军的防线，现在只得等死。三天后，日本人开始反攻，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区，然后纵兵攻击。元军大部被杀，剩余的两万多人作了俘虏。日本人按照蒙古人的标准把俘虏分四等，前三等，即蒙古人，色目人，女真人，高丽人和北方汉人全部被处死，四等的唐人（南方汉人）免死后成为部民（贱民）。今天的博多湾还有一座名为“元冠冢”的小山，据说是当年元军将士的集体墓地。

在这次惨败中，南方军只有三名士兵逃脱，他们拼凑了一 艘小船，幸运地漂回中国。忽必烈透过这三位幸存者终于知道 了战败的真相，此次战争的副统帅范文虎被斩首，其他官员也 受到不同程度的处罚。

日本史称第二次蒙古入侵为“弘安之役”，此次战争日本人投入的军队论质量和数量都远胜过“文永之役”，蒙古人在战术上没有丝毫的优势。按照日本人的说法，蒙古人的战斗力并不像想象的那样强大，日本武士在各方面都胜过他们，尤其在装备和战技方面。日本人装备的优势不仅在于战刀，也在于武士的铁甲，据说只要距离稍远，蒙古弓箭就无力穿透武士的盔甲。日本武士完全脱产，自小开始接受严格的军事训练，他们的战技胜过蒙古人毫不奇怪。蒙古人的记载称日本人擅长单打独斗，这可以和日本人的说法相印证。日本人对元军中的汉人评价最低，在他们看来，汉军贪生怕死，士气低落，是标准的鱼腩部队。不过汉人打仗不行，做奴隶倒合适，因此日本人 最后赦免了部分汉人。