造成白鳍豚灭绝的主要原因包括：三峡大坝造成长江环境巨大变化、沿江人们污染江水、使用非法渔具捕鱼、船舶数量大增等。

大陆长江资源管理办公室陈正国认为，白鳍豚濒临灭绝的重要原因是因为食物短缺。即围湖造田减少了湖泊面积，加之修坝阻隔鱼类在江湖间洄游，长江鱼类资源减少，直接受害的是白鳍豚和其它江豚。

世上另外三种淡水豚命运比白鳍豚好，因为都离人类较远。如亚马逊豚、印度河豚和恒河豚都生活在人迹罕至甚至是没有人烟的地方。