就在这生死存亡的危急关头，作为一个有远见卓识的政治家，鲁肃再次向孙权献计，提出：“说备使抚表众，同心一意，共治曹操”的联合刘备抗曹的正确方针。这可谓是出奇制胜，唯一正确的战略方针。于是，孙权派鲁肃以吊孝为名西行联合刘备。鲁肃与刘备在当阳县长坂坡会面，极力劝说孙刘结成联盟，共同抗击曹操。处境更加艰难的刘备非常高兴，立即派诸葛亮随鲁肃前往柴桑会见孙权，商讨联盟抗曹的具体协议。正在此时，曹操派人送给孙权一封恐吓信，要“与将军会猎于吴”。这是一封明白无误的挑战书。孙权得书大惊，急忙召集文武大臣商讨对策。面对曹操强大的军事压力，文武大臣议论的结果“皆劝权迎之”。孙权犹豫不决，鲁肃坐在一旁一言不发。权起更衣，肃追至阶下，直截了当地说：“我认为张昭等人的意见，是要断送主公的大业，绝对不能作为决策的依据。要说投降曹操，我鲁肃可以这么做，但是主公您却无论如何不能这样做。为什么呢？我投降曹操，至少还能当个郡县的地方官，您投降曹操，将来又如何归宿呢？希望主公慎重考虑，早定大计，联刘抗曹。” 孙权感慨地说：“此天以卿赐孤也。”于是决心联合刘备共同抗击曹操。不久，鲁肃有进一步建议；从鄱阳湖召回周瑜，委以大任。周瑜向孙权具体分析了敌我双方的形势，提出带兵数万，联合刘备，打败曹操的保证。同时，诸葛亮介绍了刘备、刘琦还有两万部队，现在正和曹军连续作战，曹军疲劳又不习水战，且瘟疫流行，只要联合抗曹，一定能够取得胜利。在鲁肃、周瑜、诸葛亮等主战派的共同努力下，孙权消除了顾虑，坚定了联合刘备抗曹的决心。于是，孙刘组成联军，建安十三年（208）十一月，大破曹军于赤壁，从此奠定了三分天下才基础。

赤壁之战，曹操大伤元气，退回到北方。刘备与孙权之间的矛盾开始激化。赤壁大战后，刘备乘机攻取武陵（今常德）、长沙、零陵、桂阳四郡。建安十五年，刘备亲自到京口（今镇江市）会见孙权，要求都督荆州。周瑜、吕范等极力劝说孙权扣留刘备。鲁肃据理力争说：千万不能这么做，现在我们最主要的敌人是曹操，他的实力还非常强大。如果我们和刘备闹翻了，那么，我们不就又多了一个敌人吗？所以，我们还是要和刘备保持联盟关系，这才是上策阿。“孙权采纳了鲁肃的建议，割给刘备长沙等四郡，进一步巩固了孙刘联盟。这年冬天，周瑜病死，鲁肃代替周瑜，成为东吴最高军事统帅。他又劝孙权把荆州借给刘备，形成孙刘共同抗曹的形势，孙权听从了他的建议。建安十九年，刘备占据成都，孙权要求刘备归还长沙、零陵、桂阳三郡，刘备不给。孙权大怒，命令吕蒙率军夺取三郡，刘备也命令关羽争夺三郡。昔日的联盟，如今却剑拔弩张，即将兵戎相见，一场大战一触即发。此时，鲁肃约关羽和谈，双方在益阳城外会见。鲁肃大义凛然地斥责刘备”私独饰情，衍德堕好。今已藉手于西州已，又欲翦并荆州之土，斯盖凡夫所不忍行，而况整领人物之乎！“（《鲁肃传》）关羽理屈词穷，无话可答。于是重新划定疆界：长沙、江夏、桂阳以东属于孙权；南郡、零陵、武陵以西属于刘备。鲁肃又一次维护了东吴的利益，使孙刘之间避免了一场兵火，再次维护了孙、刘联盟共同抗曹的战略方针。