喀纳斯河为保护区内的主要河流，自东北向西南纵贯全区，注入布尔津河，由于冰川强烈剥蚀，由高山河流拓宽、加深形成的阿克库勒湖和喀纳斯湖，就像两面巨大的明镜，成串珠状镶嵌在喀纳斯自然保护区的中心地带，它们属高山淡水湖泊。

喀纳斯湖状如弯月，南北长24千米，东西宽1.6～2.9千米，面积44.78平方千米，比著名的博格达天池整整大10倍，最大湖深188.5米，除中朝边境的白头山天池(最深312.7米)外，它是我国内陆最深的湖泊。

喀纳斯湖四周群山环抱、峰峦叠嶂，峰顶银装素裹，森林密布、草场繁茂，山坡一片葱绿，湖面碧波荡漾，群山倒映湖中，使蓝天、白云、雪岭、青山与绿水浑然一体，湖光山色美不胜收。这里垂直带谱明显，山巅银光闪烁，现代冰川雄伟壮观，本区冰川面积和冰储量分别占整个阿尔泰山的74.46%和70.08％。山腰、山麓地带原始西伯利亚泰加林一片葱绿，绿草如茵，百花争艳。

喀纳斯湖会随着季候和天气的变化时时变换着自己的颜色：或湛蓝、或碧绿、或黛绿、或灰白……有时诸色兼备，浓淡相间，成了有名的变色湖。受强劲谷风的吹送，倒入喀纳斯湖的浮木，会逆水上漂，在湖的上游湖湾处聚堆成千米枯木长堤，蔚为喀纳斯湖的一大奇观。

纳木错

纳木错，闻名西藏的三大圣湖之一，湖面海拔4718米，从湖东岸到西岸全长70多公里，由南岸到北岸宽30多公里，总面积为1920多平方公里，是我国的第二大咸水湖，也是世界上海拔最高的咸水湖，最深处约33米以上。纳木错藏语为"天湖"之意，蒙古语称"腾格里海"。位于藏北高原东南部，念青唐古拉山峰北麓，西藏自治区当雄和班戈县境内，介于北纬30°30′～30°35′，东经90°16′～91°03′。纳木错湖水靠念青唐古拉山的冰雪融化后补给，沿湖有不少大小溪流注入，湖水清澈透明，湖面呈天蓝色，水天相融，浑然一体，闲游湖畔，似有身临仙境之感。

清晨，湖面霭霭茫茫，周围群山若隐若现，太阳升起，云消雾散，清风拂面，浩瀚无际的湖面荡起涟漪，真似慈祥的仙女，手挥素巾注视着来人，这时的念青唐古拉山的主峰格外清晰，牧场一片浅绿，山体红黑间杂，峰顶白雪皑皑，主峰如一个威武战士守护着纳木湖。高原气候瞬息万变，时而狂风大作，时而乌云盖天，风雪过后，湖面依然波光粼粼。傍晚，湖水被夕阳的余辉照得霞光闪烁，真是迷人。