朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝对他有一种无形的压力，因此多次派心腹大臣到处访问。永乐年间郑和下西洋的陪同官员中，有不少锦衣卫士，这显然就是用于暗中察访建文帝的。明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年（公元1407年）起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处查找，涉及大江南北，前后共20余年。

民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年（公元1423年）在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落到底如何，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。

.李自成的生死之谜

李自成，陕西米脂人。他家境贫寒，但有勇有谋，大仁大义。他当过驿卒，当过边兵，最后加入了反明的农民起义军，南征北战，不断壮大，几十万大军所向披靡，终于推翻了政治腐败、经济崩溃、摇摇欲坠的明王朝。但因镇守山海关的明将吴三桂勾引清军入关，李自成领兵退出北京，转战河南、陕西、湖北等地，最后不知所终。 有人说李自成在九宫山遇难。 《明史》的结论是， 自成已死，尸朽莫辨。

它的根据是，当时追击李自成的清朝靖远大将军阿济格给朝廷的报告说，李自成兵尽力尽，仅带亲信20人，窜入九宫山中，被村民围困，无法脱逃，自缢而死。他派人前去验尸，而尸体已经腐烂，无法辨认了。还有一个根据是，南明王朝驻湘将领兵部尚书何腾蛟给唐王的报告称，他的部众已将李自成斩于九宫山下，只是丢了首级。 但是，这个“遇难”说却难以令人相信。因为李自成雄才大略，骁勇非常，一直是官府的死敌。

无疑，他是清王朝或南明王朝统治者心目中的大患，他的生死绝对是当时的重大事件。而阿济格报告中说是“尸朽莫辨”，纯属浮夸不实，清王朝怎能相信？何腾蛟的报告简直就是马后一炮，谎报战功，南明王朝也不会相信的。 特别值得一提的是，李自成退居湖湘时，他的手下还有40余万兵马，驻九宫山一带至少也有数万人，说他仅带20名亲信与事实明显不符。况且，如果李自成真的被杀，他的几十万大军岂能善罢甘休？九宫山能平静吗？

然而，事实上，当时九宫山很平静，那几十万大军也很平静。 那么，为什么有“遇难”说，而且在民间广泛流传？据推测，这是李自成与其部下放的烟幕弹，一个缓兵之计。一方面，扬言李自成已死，可以打消南明王朝对这支大军的敌意，下一步可能联合抗清；另一方面，使清王朝以为，心腹之患已除，放松警惕，一旦时机成熟，李自成可东山再起。 也有人说李自成在夹山寺隐居。 据说，清朝初年，即将上任的云南同知张琼伯在赴任途中，游访石门夹山寺，与寺中方丈谈古论今，颇为投缘，相见恨晚，视为知己。几年后，他又重访夹山寺，方丈已死。