先进的扫描技术让我们知道，脑各分区的许多区域都有解剖变异。美国哈佛大学医学院哥德斯坦教授领导的团队，用磁共振扫描仪测量实验者的大脑皮质与皮质下区域。他们发现女性的额叶皮质(许多高等认知功能的所在区域)和涉及情绪反应的边缘皮质，许多区域都比男性大。另一方面，涉及空间知觉的顶叶皮质上，某些区域男性则比女性大，负责对情绪信息做出反应的杏仁体(形状像杏仁，它的功能包括令心搏加速、肾上腺素大量分泌等)也一样。当然这些大小差异都是相对的，指特定区域占整个脑的比例，并不是男女之间脑局部区域的绝对比较。

　　脑有许多构造，一般而言，某个构造在大小上的差别反映出它对动物的重要程度。例如灵长类动物较依赖视觉，而不是嗅觉，鼠类恰好相反。结果，灵长类的脑中负责处理视觉信息的区域所占的比例就比较高，而鼠类脑中负责嗅觉的区域就比较大。因此可以推断，男性与女性的脑有广泛的解剖差异，表示出性别的确会影响脑中神经活动的方式。