朝廷官员听说朱反叛后，公开斥责刘瑾的罪行的人很多，刘瑾等人因并不知叛乱已经平定，成为惊弓之鸟。杨一清游说业已与刘瑾反目的张永，终于让张永倒戈。八月，刘瑾之兄刘景祥去世，刘瑾打算趁八月十五为其兄发丧之机挟持百官以图大计。张永得知后，于八月十一日赶回，当天，武宗摆宴犒赏，张永趁刘瑾离去，与张雄、张锐等人弹劾刘瑾，并举出无数罪证。武宗连夜派人捉拿刘瑾，并将刘瑾关押到菜市场。刘瑾成为阶下囚。不久，张永等人设计，利用抄家机会，制造图谋假象。经过反复审判，定刘瑾为死罪。不久，刘瑾的所有朋党也身败名裂。但是，武宗并未醒悟，再次任用宦官，“三张”成为此后最受宠的宦官团伙。

　　三、义军纵横，三震京师

　　正德四年(公元1509年)，湖广、四川、陕西、江西和两广因天灾人祸，造反者无数。正德五年(公元1510年)，天下已经局势混乱，农民起义纵横，成为朝廷的大患。

　　畿南虽地处天子脚下，但由于皇室贵戚广占民田，明朝政府强迫养马，徭役差役繁重，百姓苦不堪言，河北起义首先于霸州爆发。正德四年(公元1509年)以来，官府将矛头对准文安响马刘六、刘七兄弟。两人被招安后不久，刘瑾的家人因向刘六索贿未成，诬陷他们兄弟，刘六等人被迫投入大盗张茂的门下。不久，张茂被宁杲设计斩杀。刘六、刘七等人因自首需献银数万两，方能免罪，被迫四散逃走，其家被毁。自此，刘六与官府决裂，聚众数百人，起兵反抗，队伍很快增至数千人，这就是畿南霸州起义。

　　刘六等人起义后，迅速吸纳了文安生员赵、赵和赵镐兄弟，部众日多，畿南大震。正德六年(公元1511年)三月，刘六率军攻打博野、饶阳、南宫、无极、东明等县，官兵望风而逃。

　　此后，农民军一万多人从畿南到达山东，抢夺马匹，一昼夜疾驰数百里，倏忽往来，势如山雨。官军势单力弱，进退迟缓，常常败北。农民军受到山东农民的欢迎，粮草武器全部由当地农民供应，而且很多人加入队伍中。

　　正德六年(公元1511年)夏，农民军因人数众多，分为两支活动，一支由刘六等人率领，另一支则由杨虎等人率领。两支队伍转战数千里，往来于天津、山东间，驰骋纵横，杀官吏，释囚徒，如入无人之境。同年七月，两支农民军合兵一处，进攻文安，将明朝天下闹得天翻地覆。

　　八月，农民军屯兵固安，准备进攻京师。武宗心下着急，召内阁大学士李东阳、杨廷和、梁储觐见，讨论镇压农民军的事宜，这是自用兵以来武宗第一次接见大臣并面授机宜。此后，武宗继续在豹房游乐，将兵事交由兵部尚书和内阁诸老处理。

不久，在边将永、许泰、冯祯的连连进击下，农民军开始受挫，杨虎、赵连续在东光半壁店、景州桥集等处被打败。但很快，杨虎、赵攻破直隶威县、新河两座城池，大败副总兵李瑾。