上海瑞金医院以所取得的成就和荣誉为动力，为了进一步适应市场需求，医院积极开展高精尖诊疗技术，如微创伤手术、关节镜手术、心血管介入治疗、眼科准分子激光术等，并充分利用医院综合医疗优势，实行多学科或跨学科联合会诊制，使医疗技术水平日益提高。同时医院将发展目标定位在研究型医院上，借助医院9个市级研究所，医院在肾脏内科、消化内科、内分泌、高血压、中医伤科、急性坏死性胰腺炎、生殖医学等学科中颇具特色，特别是国家重点研究所的科研优势，立足临床加大科研力度，为人民健康创造出了许多临床新成果。医院还不断深化人性化服务，推出了“以优质的医疗使病人放心、以一流的服务使病人称心、以优美的环境使病人舒心”的“三心工程”，以温馨、便捷、优质、高效的服务赢得了社会和病家的信任，促进了医院两个文明建设的发展。

上海瑞金医院是上海交通大学医学院的临床教学基地，“瑞金临床医学院”也设在医院中，承担医学系、检验系、高级护理系的临床教学任务，并接受上海交通大学医学院夜大学、高级医师进修班及来自全国各地医院的进修学员的临床教学任务。

近年来，上海瑞金医院获得各类科研项目300余项，包括国家自然科学基金重大项目、重点项目、面上项目、国家科委863项目、S863项目、973项目、攀登计划、国家八五攻关项目、九五攻关项目、卫生部科研项目、国家教委留学生基金项目、上海市级科研项目等重大项目。医院现有硕士生点29个、博士生点22个，具有招生资格的博士生导师66名、具有招收资格的硕士生导师84名，内、外科均为博士后流动站。医院的科研技术人才在国家杰出人才基金、国家教委跨世纪人才培养基金、上海市启明星计划、启明星后计划、上海市曙光计划、上海市卫生系统百名跨世纪优秀学科带头人计划中占有较重比例。还获得一系列有很高含金量的国际奖项，如：美国灼伤协会伊文思奖，意大利惠特克国际烧伤奖，美国凯特林癌症奖，瑞士布鲁巴赫癌症研究奖，法国卢瓦茨奖和祺诺台杜加奖，以及香港何梁何利基金技术奖等。为了引进先进的技术和设备，瑞金医院还积极开展对外交流与协作，与法国、美国、英国、加拿大、比利时、澳大利亚等国家和香港、台湾、世界卫生组织等国家和组织有着广泛的联系，并建立了多项科研合作...

1999年8月4日，为了贯彻落实国家卫生改革工作的精神，探索市场经济条件下医院发展的新模式，实现“以比较低廉的价格提供比较优质服务”的宗旨，上海瑞金医院率先与部分医疗机构实行资产重组，建立了上海瑞金医院集团，初步实现了跨地区、跨行业、跨级别、跨部门医疗资源的重组，使以瑞金医院为核心的区域医疗卫生中心逐步形成。四年多来，上海瑞金医院与集团下属的医院分部、卢湾分院、闵行医院和台州中心医院都取得了明显的经济效益和社会效益。