加壳病毒(Armored Virus)首次出现。此类病毒很难分解。比如防护能力极强的顽固病毒，“鲸鱼”(Whale)病毒。

1991

“特奎拉”(Tequila)病毒出现。特奎拉具有隐蔽性，属于复合型态，具备保护外壳，同时会对自身变换加密，每次感染时都会采用不同的密钥。该病毒攻击主引导记录。主引导记录一旦被感染就会随之感染其他程序。

一种名为病毒制造实验室(Virus Creation Lab)的病毒软件编写工具库催生了一系列病毒。但是大多数该类病毒都充满漏洞，而无法制造真正的威胁。

复合型DAMN病毒由“黑暗复仇者变形引擎”(Dark Avenger Mutation Engine)编写，并且在1992年大行其道。

1992

“米开朗基罗”(Michelangelo)病毒出现后感染所有类型的磁碟。但是，该病毒的散播范围比媒体预先估计的要小一些。

1993

当年出现的Satanbug/Little Loc/Natas病毒是同一个病毒的不同变种。

Satanbug病毒具有很强的反杀毒软件功能：该变种能够检查到四种杀毒软件，并且破坏相关磁碟。这是杀毒软件研究人员历史上第一次和美国联邦调查局(FBI)联手逮捕并且起诉了这个还是孩子的病毒编写者

1994

危害相对较小的KAOS4病毒出现在一个色情新闻组之中，并且很快通过COMSPEC/PATH环境变量传遍全球。这是第一个利用环境变量来定位潜在攻击对象目录的病毒。

1995

第一个宏病毒出现。宏病毒利用软件自带的编程语言编写来传播，比如微软公司(Microsoft，下称微软)的Word、Excel和Access。

1996

Laroux/Excel宏病毒利用微软为应用软件宏语言环境设计的新型Visual Basic语言，进行大范围自我复制。但是该病毒危害非常有限。

Boza病毒出现并且感染了曾号称百毒不侵的Windows 95操作平台。

Staag病毒这一年出现并且感染了当时刚刚诞生不久的Linux操作系统。

1998

StrangeBrew病毒在Java环境下传播和发作。这是一个概念性病毒，没有攻击性。

危险的CIH病毒现身后感染了视窗(Windows)可执行文件，覆盖了硬盘和BIOS数据，并且让无数计算机系统瘫痪。这个别名为“Chernobyl”的病毒在全球范围内造成了2,000万~8,000万美元的经济损失。CIH病毒对中国用户发起大规模的进攻，受损计算机超过几十万台。

1999

毁灭性的梅利莎(Melissa)Word 97宏病毒是目前为止传播得最快的一种病毒。这个以一个脱衣舞女命名的病毒是群发邮件病毒的鼻祖。

蠕虫病毒开始产生比普通病毒更大的危害。“泡沫男孩”(Bubble Boy)病毒是第一个在用户打开电子邮件附件之前就感染系统的蠕虫病毒。在邮件被浏览之时，蠕虫病毒已经开始暗中传播。

2000

我爱你(ILoveYou)病毒，又称情书或爱虫，也是群发邮件病毒。被感染的计算机会向邮件地址簿中的所有人发送包含病毒的电子邮件。

借助人们对于情书的好奇心，该病毒迅速传遍全球，造成了大范围的电子邮件阻塞和企业亿万美元的损失。